명지대학교(정근모 총장)는 시간강사(임헌원목사)가 일부 언론에 기고한 글이 유명목사들과의 밀접한 관계에 장애가 된다며 언론의 자유와 강사고유의 교권에 압박을 가하여 인권을 유린하였다.
 
“당신은 강의하는 것보다 차라리 사회운동가나 하라! 이번이 마지막이다!”라고 하며 해고할 가능성을 시사하였다.
 
첫째. 명지대학교 시간강사 임헌원 목사가 2005년 5월 28일 자로 인터넷 신문 <뉴스파워>, <뉴스엔조이>, <장로신문> 등에 ‘유명한 목사들의 회개는 정치적 굴종인가?’라는 제목으로 기사의 글을 쓰고, 자신이 직접 가르치는 명지대학교학생들에게 수업과 직접 관련하여 ‘현대사회의 통속적 교회들과 목사들의 비성경적인 행태가 성경적 기독교회의 올바른 신앙윤리적인 측면과 실제로 어떻게 차이가 나는지를 살펴보라’고 강의시간에 인터넷에 접속하여 자유롭게 참고하여 보라고 말했던 사실이 못마땅하다는 것.
 
둘째. 강사가 수업시간에 학과목 특성에 맞추어 비성경적인 통속적 기성교회들을 올바른 성경신학의 입장에 있는 성경적 기독교회들과 비교하여 올곧은 통찰력을 세워주고 왜곡된 교회관을 성경적인 시각으로 새롭게 볼 수 있도록 키워준다는 사실이 못마땅하다는 것.
 
셋째.  ‘교회개혁---’에 관한 책을 외부 건전한 연구단체(‘교회와 이단’ 연구 소장 이대복)로부터 갑작스레 기증을 받아 학생들에게 배포할 것을 결정한 바 없었는데도 배포할 가능성이 있지나 않을까하여 지레 겁을 먹고 그 책의 저자가 검증된 사람이 아니기에 못마땅하다는 것.
 
상기와 같은 사실 세 가지를 갖고 2005년 6월 13일(월) 오후 4시30분경 명지대학교 측과 교목실장의 대변인격인 교목 지 모 목사가 교수 강사 대기실에 있는 시간강사 임헌원 목사를 찾아와서 “방금 전에 이 모 교목실장이 ‘유명목사들의 회개는 정치적굴종인가?’라는 임목사의 기사와 ‘교회개혁---’에 관한 기증 받은 책을 보고 노발대발 화가 머리끝까지 나서 난리를 쳤다”고 하며, 임헌원 목사를 향하여 이 모 교목실장이 당장 만나서 따지고 오랬다면서 강력 성토하고 앞으로 강의를 몰수할 수 있을 것처럼 위협을 가하였다.
 
명지대학교와 교목실장의 대변인격인 교목 지 모  목사는 다음과 같이 말하였다.

“명지대학교 강사라는 신분으로 유명목사들과 기독교교계에 대하여 부정적인 시각으로 기독 언론에 비판의 글을 기고한 것은 잘못이다. 그리고 강의시간에 부패한 기독교회에 관하여부정적인 시각으로 비판하는 강의를 하려면 차라리 가르치는 일보다는 사회운동가나 되라! 당신은 개혁을 똑바로 하고 있는가? ‘교회개혁--’이라는 책을 기증한 이대복 소장은 검증이 된 사람인가? 왜 그 책을 받았는가? 그 책을 학생들이 본다면 역효과가 날 수밖에 없으니 배포할 수 가 없다.
 
현재 명지대학교 정근모 총장이 조용기, 정진경 등의 유명 목사들과 얼마나 밀접하고 끈끈한 사이인 줄을 알고나 있느냐? ‘유명목사들의 회개는 정치적굴종인가?’라는 글에서 유명한 목사들이 어떤 분들인데 어떻게 명지대학교 강사이름으로 부정적인 시각으로 비판의 글을 쓸 수가 있는가? 정근모 총장의 운신의 폭을 가로막을 작정이냐? 
 
그리고 이 모 교목실장이 창조과학회 회장으로서 활동하는데도 그 유명목사들과 긴밀한 유대 속에서 움직이는데 그 활동에도 지장을 주려하느냐?

감히 이런 부정적인 비판의 글을 명지대학교 강사 이름으로 쓸 수 있느냐?” 라고 따지면서 단단히 굳어 새하얗게 상기된 얼굴로 정색을 한 후 “이 번이 마지막일 수 있다. 잠수하라! 한마디 더 일러두는데 많은 사람들이 색안경을 끼고 임목사를 주목하고 있으니 조심하라!”  고 하며 앞으로 강의가 어려울 수 있다는 듯이 으름장을 놓았다.
 
또한 학교측과 지 교목, 이 교목실장은 2004년 11월 학기 말에도 시간강사 임 목사가 2004년6월에 인터넷 신문<뉴스엔조이>에 올린 기사 조용기목사 번역 ‘천국은 확실히 있다!’라는 책을 성경신학적인 입장에서 볼 때 심각한 허점이 다수 발견되었다며 강력 서평 했다는 것과 함께 수업시간에 다양한 기독교의 문제점들을 비판하여 올바르게 가르치는 것이 오히려 믿지 않는 학생 80%가 기독교회를 부정적으로 볼 수 있다는 이유(실제 그들은 성경적 기독교의 본질을 올바르게 배울 수 있어서 그동안 잘못 바라본 시각을 교정할 수 있었다며 상당수의 학생들이 오히려 고마워하고 있는 많은 사례들을 간과하여 무시한 처사이다.- 그들은 교목실 까지 찾아가지는 않았다.)와 비성경적인 교회에 출석하는 학생들이 자기 교회의 목사와 견해가 다르다 하여 고자질한 ‘일부 기독 동아리학생들’의 편파적인 이야기만을 듣고 ‘한국의 기성교회를 싫어하는 목사’라 성토하고, 그것은 ‘누워서 침 뱉기 하는 것’이라 하며 임헌원 목사를 향하여 앞으로 조심하라며 경고를 했던 사례도 있었다.
 
심지어 이 교목실장은 학생들이 교목실에 찾아와서 ‘자기들 교회목사의 가르침과 강의 교수가 가르치는 것이 맞지 않으니 교수가 이상한 교수’라 하며 고자질하는 학생이 생겨나지 않도록 하는 것도 교수의 능력 있는 자질이라고 하였다. 학교는 어차피 학생들의 이야기에 더 민감할 수밖에 없으니 교수가 스스로 비교 비판적인 말을 삼가하고 스스로 몸을 조심할 수밖에 없다는 것이다. 계속해서 그는 세속화된 기독교의 부정과 부패는 우리가 모두 알고 있지만 은혜와 사랑으로 덮고 가는 지혜가 있어야 복음을 잘 전할 수 있다는 것을 강조하였다.
 
지금까지 학교측과 교목실에서는 시간강사 임 목사가 각종 기독신문에 기고한 글과 강의시간에 문제점을 바로 잡아주기 위하여 강의하였던 내용에 관하여서는 그 어떤 문제점도 역으로 제시하지 못하였다. 그리고 교목실에 고자질한 학생들이 갖고 온 문제점의 진위여부를 단 한 건도 파악하지 않고 마녀 사냥 식으로 강단의 고유한 교권을 유린하여 온 것이 사실이다. 
 
오직 정 총장과 이 교목실장이 그 유명한 목사들과의 끈끈하고도 밀접한 관계를 갖는 데에 어려움을 줄 수 있다는 것만을 강조하였다. 그 결과 손해는 시간강사인 임 목사에게로 귀착될 수밖에 없을 것이라고 강력히 경고하였다.  그 결과로 인한 손해라는 뜻은 강의시간을 몰수할 수 있다는 가능성에 대한 강력한 경고로 이해하는 데에  큰 무리는 없는 듯하여 보였다.
 
명지대학교 시간강사 임 목사가 지금까지 이러한  글을 쓰고 강의하는 이유는 비성경적인 통속적 교회들의 세속화와 부패에 대항하여 부정당한 기독교 교회를 비롯하여 주변 종교들의 개혁과 올바른 성경적 교회의 유익과 사회 공익을 위해서 라는 것이다.