오마이뉴스(대표 오연호, 편집국장 정운현)는 6월 23일 오전, 국정원 고위 간부들의 사진을 게재, 보도한 사건에 대해 오마이뉴스 홈페이지에 공식 사과했다. 사과문에서 오마이뉴스는 "청와대로부터 사진을 건네받을 때 어떤 주의사항도 듣지 않았기에 공개돼도 무방하다고 생각했고 22일 오전 청와대측으로 삭제 요청을 받을 때까지 국정원으로부터도 어떠한 문제 제기나 삭제 요청을 받은 바도 없다"고 해명했다. 또 오마이뉴스는 “문제의 사진을 게재한 데에 대해 신중하지 못했던 점을 깊이 머리 숙여 사과 드립니다”면서 재발방지를 약속했다.  22일 오후 청와대의 보안의식 부재를 비판하는 기사를 게재한 것과 관련해서도, “오마이뉴스의 책임과 실수에 대해서는 거론하지 않은 잘못을 시인”한다며 23일 오전 관련기사 삭제조치 및 기자와 관련 데스크 중징계 방침도 아울러 밝혔다.

그러나 사과문 발표 이후에도 오마이뉴스 게시판에는 "국가기밀 누설은 명백한 위법행위이므로 기자 등 관련자를 사법 처리해야 한다"(김정진) "당분간 휴간하라"(나시민), "최소한의 기본적인 안보의식도 없다"(아마추어) 등의 성난 네티즌들의 글이 수백 건에 달하고, 오마이뉴스 편집국에도 전화가 쇄도하고 있는 것으로 전해졌다.

한편 노무현대통령은 23일 이 사건에 대해 “있을 수 없는 일”이라며 철저한 진상 조사와 책임자 문책을 참모진에 지시했다.

대부분의 종이신문들이 이 사건을 두고 성난 네티즌들의 소식을 주로 전하면서, 오마이뉴스의 사과문 발표를 ‘오마이뉴스의 실수’보다 크게 보도하는 경향을 보이고 있다. 한 청와대 직원의 관행적 행동과 인터넷 매체의 윤리의식 실종은 사과문과 관련자 문책 방침에도 불구하고, 쉽게 가라앉지 않을 것으로 보인다. 또 이후 정부와 인터넷매체간의 긴장감이 고조될 가능성도 점칠 수 있다. 해프닝으로 시작된 이 사건은 관련자 문책을 제외한 구체적 대안이 제시되지 않고 있어 청와대와 인터넷매체 흠집 내기로 방향 전환할 조짐까지도 보이고 있다.