서울시교육청 학생인권위원회(위원장 한상희, 이하 인권위)가 지난 2월 22일, 신학기 학생인권침해 사건의 예방과 시교육청의 인권조례 시행에 관한 업무 추진이 지지부진하다며 그 책무 이행을 촉구하는 종합 권고문을 문용린 교육감에게 전달한 것과 관련, 지난 28일 사실상 이를 거부하는 답변서를 보낸 것으로 알려졌다. 
 
인권위 관계자는, 신학기 생활지도 과정에서 학생 인권을 침해하는 일이 없도록 관내 학교에 주의를 당부하는 공문을 28일전까지 발송할 것, 학생인권침해사건에 따른 권리구제 지침의 법제화, 인권친화적 학교 인프라 구축 및 교육청의 지원체계 마련을 권고한 것에 대해 문 교육감이 ‘학생인권조례의 효력에 대해 교과부가 대법원에 제소를 하였으므로 교육청에서 요청사항들을 적극적으로 추진하는데 한계가 있다’고 답변했다고 밝혔다. 

또 2월 27일까지 권고에 대한 답변을 요구한 것에 대해서도 차기 학생인권위원회 개최시 교육청 입장을 전달하겠다고 회신하며 위 내용들을 제245회 서울시의회 임시회(2013.2.28.)에서 답변하였다는 짤막한 내용도 덧붙였다고 전했다. 

인권위는 학생인권조례가 교육감의 수정, 보완 의사와는 무관하게 이미 효력을 갖고 시행중인 조례임을 분명히 했으나 문 교육감이 개인 문용린이 아닌 교육감 문용린으로서 본인에게 부과된 법적 책무조차 거부하고 있다며 이를 의회민주주의를 훼손하고 법률이 아닌 자의적 판단에 입각한 행정을 펼치는 것이라며 유감을 표했다. 

인권위 김인식 위원은 “향후 서울시의회 등과 공조를 통하여 문 교육감의 법적 책무 이행을 지속적으로 촉구할 예정”이라고 전하며 “인권위 권고의 사실상 거부에 따라 신학기 학생인권교육 및 홍보의 차질 및 0교시 등 강제학습의 급증등이 예상된다”고 말했다. 한편 서울시의회 윤명화 의원(중랑4) 은 오는 3월 8일(금), 교육감 대상 현안 질문을 통해 학생인권옹호관의 설치와 학생인권조례 집행 등에 대하여 집중 질의할 예정인 것으로 알려졌다.